Добрый день!

Да, при продажи квартиры, которая была получена по договору дарения, НДФЛ 5% вы будите оплачивать.
Оговорка в отношении пребывания недвижимости во владении более 3-х лет не распространяется только на недвижимое имущество, полученное по наследству. К дарению данное условие не применяется.