А каким законодательным актом это регламентировано. на сколько я знаю, стоимость оценки не должна быть ниже оценки БТИ, так зачем одно и то же делать два раза? можно ли как то обойтись без независимой оценки?

Наказом Мін. Юста 30.05.2012 № 809/5 «Про внесення зміни до наказу Міністерства юстиції України від 07 лютого 2002 року № 7/5» було виключено пункт 7.9 розділу VІІ Тимчасового положення про порядок державної реєстрації права власності та інших речових прав на нерухоме майно, тобто інвентаризаційна вартість об"єкта нерухомості виключена з витягу з реєстру прав власності, а тому нотаріус вимагає експертну оцінку для розрахунку держ. мита та ПДФЛ при посвідченні угоди.

А это не одна и та же стоимость, которая указывается в паспорте БТИ? если она есть, можно не делать отдельную оценку? спасибо

Нет, это две разные оценки. Экспертную оценку делать нужно.

Еще один вопрос. если по дарственной оформляется 1/3 часть квартиры, то пошлина будет платиться со стоимости этой части или всей квартиры?

От стоимости части