А также останется ли за агентами данного договора право на освобождения 1% в ПФУ при первой покупке объекта недвижимости?

При продажи квартиры 1% в ПФ оплачивается в любом случае.

Имеется ввиду право не платить ПФ при покупке недвижимости впервые

При купле-продажи квартиры есть только обязанность заплатить 1% в ПФ. Права не платить — нет.
Исключением является продажа земельного участка — тут в ПФ ничего не оплачивается.

П. 15-1 Порядка № 1740

Збір на обов'язкове державне пенсійне страхування з
операцій купівлі-продажу нерухомого майна сплачується
підприємствами, установами, організаціями незалежно від форм
власності та фізичними особами, які придбавають нерухоме майно, у
розмірі 1 відсотка від вартості нерухомого майна, зазначеної в
договорі купівлі-продажу такого майна, за винятком державних
підприємств, установ і організацій, що придбавають нерухоме майно
за рахунок бюджетних коштів, установ та організацій іноземних
держав, що користуються імунітетами і привілеями згідно із
законами та міжнародними договорами України, згода на
обов'язковість яких надана Верховною Радою України, а також
громадян, які придбавають житло і перебувають у черзі на одержання
житла або придбавають житло вперше.

Або придбавають житло вперше.

Вы сможете воспользоваться данной льготой при наличии подтверждающих документов, а именно справки из ПФ о том что вы не приобретали ранее недвижимость и т.п.Данный документ нотариус прикладывает к делу и затем с отчетом передает в ПФ.

Относительно главного вопроса, а почему каждая из сторон платит 5% НДФЛ? Ведь домом владеют больше 3-х лет…

Значит 5% оплачивает та сторона, у которой льготы не возникает (только собственник квартиры).