Давайте разделим. Сама 3 категория ФОП ничего страшного не имеет, кроме традиционной отчетности и права ГНА Вас проверять. Не больше и не меньше. В ГНА таких 3 категории ФОП тысячи и лично Вас проверять будут только, если будут к Вам вопросы.
Другое дел, если это госбюджетные деньги, то их законность использования может проверять бывшее КРУ — государственная финансовая инспекция. Для свой проверки, она может попросить помощь в ГНА. А уже вместо они могут, что называется каждую Вашу бумажку проверять очень дотошно.
Если, так нет ничего «левого» и Вы понимаете, что можете внять и понятно объяснить и КРУ и ГНА, как прошли деньги и как будут уплачены налоги, то тут проблемы стандартные: потеря времени на общении с проверяющими, обязательное доначисление «налоговая нагрузка» в стандартных пределах и все… Но, если Вы сами не можете ответить на вопросы о деньгах и налогах, вот тут уже появиться налоговая милиция и это уже другие деньги и другое время.
В это бизнесе, есть такое умное слово «цена вопроса», где обязательно нужно учесть все «будущие затраты на решение вопроса». Иначе этот бизнес не работает.