Здравствуйте, Виталий!
Вы можете зарегистрировать ООО в качестве плательщика НДС (для этого действующее предприятие подает заявление в ГНИ по месту учета, реальный срок регистрации плательщиком и получения подтверждающего регистрацию документа 5-7 рабочих дней). Однако в это случае НДС будет начисляться на стоимость товаров или услуг, независимо от того, кто является Вашим покупателем (заказчиком). Начисление НДС будет зависеть от того, являются ли операции по поставке отдельных товаров (услуг) облагаемыми или нет. К сожалению, Вы не уточнили, чем именно Вы занимаетесь, поэтому я не могу с точностью сказать будут ли Ваши поставки облагаться НДС. Если допустить, что все операции подНДСные, то вместо имеющихся 5 % единого налога, который Ваша компания сейчас платит от поступившей выручку, она должна будет платить 20 % НДС и 3 % единого налога.
При этом НДС-обязательства в отличие от обязательства по уплате единого налога, возникают по первому событию (поставка продукции или получение средств, в зависимости от того, что произошло раньше). Также возникает обязанность ежемесячной подачи декларации и ежемесячной уплаты НДС (в противовес единому налогу, который декларируется и оплачивается поквартально). Как плательщик НДС Ваше предприятие должно будет выписывать налоговый накладные (если сумма НДС выше 10 тыс. грн. – электронные налоговые накладные с необходимостью регистрировать их в Едином реестре налоговых накладных). Для уменьшения сумм НДС, подлежащих оплате в бюджет, Ваше предприятие сможет воспользоваться налоговым кредитом по НДС (вычитать НДС, уплаченный в составе приобретенных для целей хозяйственной деятельности товаров и услуг, из подлежащих оплате сумм НДС).
В общем, по сравнению с бухгалтерским и налоговым учетом плательщика единого налога по ставке 5 %, учет плательщика НДС намного сложнее). Это себя оправдывает, если Ваша деятельность связана с большими объемами закупки товаров и услуг у плательщиков НДС, при которой 2 %, которые составляет разница между ставками единого налога (5 % — 3 %) оказывается значительно выше, чем сумма НДС, которую Ваше предприятие будет платить с учетом налогового кредита.
Например, если Ваше предприятие покупает в месяц товар на 120 000 грн (в нем НДС 20 тыс. грн), а продает этот товар за 126 000 грн (в нем НДС 21 тыс. грн), то быть плательщиком НДС может быть выгодно, ведь в таком случае компания платит 1 тыс.грн НДС (21 – 20 тыс грн.) и 3 150 грн. единого налога (105 тыс.грн х 3 %). Всего 4 150 грн. А если бы компания была плательщиком только единого налога по ставке 5 %, то сумма налога составила бы 6 300 грн. (126 тыс. грн. х 5 %).

С уважением,
Константин Пильков