«Чем ООО с 01.04. стало невыгодно покупать у ЧП?» — Расходы по операциям с единоналожниками не относятся в состав валовых (т.е. не уменьшают объект налогообложения налогом на прибыль).
«Кто должен будет заплатить 20% НДС?» — Поскольку продавец — единоналожник и, соответственно, не является плательщиком НДС, следовательно НДС никто не платит.

С уважением, Виталий Рябов.