Да, плательщики налога на прибыль не смогут со второго квартала относить на валовые расходы стоимость приобретенных у плательщиков единого налога — физ лиц товаров и услуг. И также не смогут амортизировать приобретенные у них основные средства.
Если существенная часть Вашего дохода — от юр-лиц на общей системе, для Вас целесообразно будет зарегистрировать ТзОВ (на общей или упрощенной системе — тут нужно считать), чтобы не потерять клиентов. Альтернатива — снижение цен на 25%, чтобы компенсировать налоговые потери юр-лиц — контрагентов.