Добрый день, Максим!
1. Порядок управления частным предприятием законодательством детально не урегулирован, в отличие от ООО. Это и плюс и минус. Однако, с тех пор как для ООО не требуется минимальный уставный капитал в размере 100 мин. з.п. ( теперь только 1 мин. з.п), ООО нами рассматривается как наиболее удобная форма даже для малого бизнеса. Учреждая самостоятельно ООО, Вы будете выступать как учредитель и участник, владеющий 100 % уставного капитала и имеющий 100 % голосов на общем собрании участников, состоящем, в принципе, из Вас одного. Первое собрание (учредительное) принимает решение о создании ООО, утверждает устав, определяет местонахождение общества и назначает директора (можете быть тоже Вы). Собрание из одного человека – это громко сказано. На практике это выглядит так. Вы сами или с юристом готовите проект устава и протокола учредительного собрания. Подписываете эти документы. Подпись на уставе (в двух экземплярах) заверяете у нотариуса, у него же делаете нотариальную копию устава. С этими документами открываете временный счет в избранном Вами банке, на этот счет вносите 50 % от указанного Вами в уставе размера уставно капитала. Банк выдает справку об этом. Далее, у государственного регистратора (отдел в райгосадминистрации либо исполкоме по месту, избранному в качестве адреса ООО) регистрируете ООО, уплатив перед этим пошлину в размере 170 грн. Вместе со свидетельством и зарегистрированным уставом Вам могут выдать справку о регистрации в налоговой и пенсионном фонде. Однако в некоторых регионах этого не делают. Тогда после получения свидетельства и устава нужно без промедления отправиться в управление статистики, получить там справку ЕГРПОУ, в налоговую за справкой о постановке на учет в качестве налогоплательщика, в пенсионный фонд – за уведомлением о регистрации плательщиком единого социального взноса. Одновременно, после получения справки статистики отправляетесь в разрешитеьную систему МВД для получения разрешения на печать (понадобится эскиз печати, можете нарисовать сами). После изготовления печати, имея на руках реквизиты Вашего будущего счета (получите их, открывая временный для формирования уставного капитала), у нотариуса заверяете карточки с образцами подписей и печати для банка и со всеми этими документами отправляетесь в банк для открытия постоянного счета. Банк сам уведомит налоговую об открытии счета. С этого момента Вы можете распоряжаться счетом. Вам осталось только определиться, не желаете ли Вы быть на общей или упрощенной системе налогообложения (плательщиком единого налога). В последнем случае нужно обращаться в налоговую для получения свидетельства (это не сложно). Однако, это уже другая история.
2. Не должен, не обязательно. Вас к этому могут всячески склонять в пенсионном фонде. Однако, можете смело отвечать, что только начали бизнес и начислять з.п. сейчас не имеете возможности.
3. Средствами на банковском счете предприятия распоряжается его руководитель. В него он выплачивает зарплату, оплачивает товары и услуги поставщикам, аренду прочее. Если общим собранием (Вами на нем) будет принято решение о выплате дивидендов, предприятие должно будет уплатить налог на прибыль с выплачиваемых сумм. Просто так, взять и обналичить деньги со счета предприятия нельзя. Физически можно отправить деньги на какой-либо счет или снять их с корпоративной карты, однако если это сделано «просто так» для выплаты дохода собственнику без уплаты налогов, предприятие может поплатиться.

С уважением,
Константин Пильков