Добрый день, Алла!
Отвечу на вопрос по оценке, по правомерности уплаты налога 5% лучше спросить юристов, это не вопрос оценки.
Налоговую оценку оспорить сложно — только через суд, регулятор (ФГИУ) сделал все, чтобы это стало невозможным. Обратите внимание на то, что подписал Ваш отец при заказе и получении такой оценки: что он согласен со стоимостью, претензий не имеет и т.п. Пока налоговую оценку не отменили как коррупционную — почти ничего сделать нельзя. Можно попробовать заказать оценку этого же гаража у другого оценщика — бывает, результат приходит совершенно другой. Но это риск — снова затраты на оценку, а результат непредсказуем. Поэтому решать Вам.