В данном случае выгоднее было бы зарегистрировать ООО. Хотя представительство иностранной компании (то что Вы называете филиалом) имеет ряд преимуществ перед ООО: немного легче получать финансирование от материнской компании, не требуется получать разрешения на трудоустройство иностранных рабочих, основной недостаток это отсутствие ограничений по ответственности перед третьими лицами. Участник ООО не отвечает по долгам ООО и несет риски убытков только в пределах стоимости его вклада. Предствительство не является отдельным юридическим лицом, все долги которые накопило представителство, без ограничений «ложаться» на иностранную материнскую компанию. Официальный сбор за регистрацию представительства — 2500 долларов США.