Добрый день!
Физическое лицо может быть зарегистрировано как предприниматель, быть плательщиком единого налога и в то же время быть наемным работником. При этом два этих качества стоит разделять. Если физ.лицо оказывает услуги предприятию как СПД, то оно здесь не является работником. И наоборот, если физ.лицо трудоустроено, то работодатель выплачивает ему доход как работнику (с удержанием НДФЛ и ЕСВ). Налоговый кодекс не устанавливает запрета на то, чтобы плательщик единого налога мог еще и работать как наемный работник.