Банк «Південний» виступає банком-агентом із виплат відшкодувань Фонду гарантування вкладів фізичних осіб. Банк одним із перших успішно здійснює виплати в новій автоматизованій системі ФГВФО. Автоматизована система створена для того, щоб зробити процес отримання гарантованої суми вкладником максимально зручним, а також захистити права та законні інтереси вкладників у сфері гарантування вкладів фізичних осіб.