Как напомнили в департаменте связей с общественностью Министерства внутренних дел Украины, Данилишин обвиняется по ч.2 ст.364 (злоупотребление властью или служебным положением) Уголовного кодекса Украины. Возглавляя Министерство экономики Украины, он отвечал за координацию государственных закупок. Используя свой служебный статус и нарушая предусмотренные законодательством требования, Данилишин помогал обществам с ограниченной ответственностью осуществлять закупки.

В результате его действия повлекли убытки государству на сумму 13,9 млн гривен.

В августе 2010 года Богдан Данилишин был объявлен во внутригосударственный, межгосударственный и международный розыск.