Об этом говорится в разъяснении в Базе налоговых знаний (подкатегория 138.02).

Как сообщается, если прошло 90 дней от даты предельного срока уплаты налога, который занизили, пеня начисляется на сумму недоплаты за каждый день просрочки, включая день погашения. То есть, даже если у вас есть переплата по соответствующему платежу.

Начислять пеню, не нужно только в случае, если заниженное налоговое обязательство, исправляется в уточняющей декларации до того, как прошло 90 дней с предельного срока его уплаты.