Ранее обязанности руководителя службы исполнял первый заместитель главы ведомства Игорь Кошелев, назначенный на эту должность в мае 2011 года.
Госэкоинспекция осуществляет надзор и контроль за соблюдением требований законодательства в сфере охраны окружающей природной среды, рационального использования, воспроизводства и охраны природных ресурсов; за соблюдением режима территорий и объектов природно-заповедного фонда, за экологической и радиационной безопасностью во время импорта, экспорта и транзита грузов и транспортных средств.
Также в сферу деятельности инспекции входит надзор за биологической и генетической безопасностью использования генетически модифицированных организмов (ГМО) в открытой системе и за обращением с отходами, опасными химическими веществами, пестицидами и агрохимикатами.