Как пишет "Коммерсант-Украина" в материале «Крупным не повезло», согласно отчету, СГНИ не смогли поставить на учет 100% всех КПН и обеспечить их индивидуальное сопровождение. В 2009 и 2010 годах в спецподразделениях обслуживалось лишь 16,9% и 33,8% крупных предприятий соответственно. В I квартале их количество увеличилось до 67% — из 1152 крупных плательщиков в СГНИ обслуживались 771.
В Счетной палате выявили, что СГНИ работают также с предприятиями, не относящимися к категории крупных. Например, в этом году в специнспекции Симферополя обслуживалось 15 таких плательщиков, а в СГНИ Киева в 2010 году из 242 обслуживающихся предприятий только 146 были крупными.
Неэффективной оказалась работа СГНИ и по наполнению доходов бюджета. Выполнение ими плановых показателей в 2009-2010 годах было на уровне 87,6-94,7%, в то время как все налоговые инспекции перевыполнили планы на 1,1%.