Главным негативным фактором для отрасли в 2011 г. стал острый дефицит и удорожание сырья: древесных отходов и лузги подсолнечника. Также на многих производителей топлива негативно повлияло вступление в силу с 1 апреля 2011 г. новой редакции Налогового кодекса, предусматривающего ограничения в ведении хозяйственной деятельности для субъектов на едином налоге. Кроме этого, для большинства производителей актуальна проблема низкой эффективности производства из-за технологической отсталости оборудования.
Согласно отчету, практически 100% малых и средних производителей биотоплива (с объемом производства от 300 до 500 тонн в месяц), доминирующих на рынке, приостановили выпуск продукции в летний период, что объясняется сезонным характером их деятельности и возросшим дефицитом сырья. В частности, производителям биотоплива из древесных отходов приходится сегодня конкурировать на сырьевом рынке с производителями строительных материалов (ДСП).