По словам экспертов, кодекс нарушает принцип, закрепленный в Конституции Украины (ст. 22), о недопустимости при принятии новых законов или внесения изменений в действующие; нивелируется институт банковской тайны вследствие существенного расширение перечня государственных органов, которые получают доступ к банковской тайне; норма о определении обычной цены нарушает принцип презумпции невиновности налогоплательщика, поскольку последний обязан сам доказывать соответствие цены договора обычной; кодекс дублирует действующее законодательство, вводя дополнительную ответственность, не меняя действующие нормы, чем создает правовые коллизии; необоснованной является норма об уплате обязательств начисленных непрямыми методами, без процедуры принятия решения в судебном порядке; внедрение бухгалтерского учета доходов, расходов и прибыли, отдельно по каждому подразделению полностью противореччит Базельским принципам о консолидированной отчетности и досмотру; существенно (в 4 раза) увеличиваются амортизационные группы основных средств и нематериальных активов, что усложняет учет и требует дополнительных затрат.
Во время общественных обсуждений Минфин согласился изъять из кодекса норму о праве безакцептного списания средств налоговиками.