Введение реестра с 1 ноября 2009 г. заблокировал Президент Украины Виктор Ющенко, оспорив постановление в Конституционном суде Украины.
Согласно законопроекту, параллельно с подачей налоговой декларации плательщики будут обязаны предоставлять в ГНАУ «копию записей в реестрах выданных и полученных налоговых накладных». В случае выписки предприятием-продавцом незарегистрированного документа он будет лишен возможности передать его покупателю. Право выдачи накладной будет ограничено, в частности при условиях непроведения в полном объеме расчетов с бюджетом, ненахождения местонахождения плательщика или принятия решения судом о прекращении его деятельности. Это позволит ограничить право предприятия на формирование налогового кредита и получение возмещения НДС.
Центральный аппарат ГНАУ сможет определять «перечень достаточных оснований, которые дают право на внеплановую выездную проверку» для определения достоверности заявленных в декларации сумм НДС к возмещению.